Barney Calhoun po neúspěšném dvouletém studiu na Martinsonské vysoké škole, kterou nedokončil, přijímá práci v super tajném zařízení Black Mesa jako člen ochranky. Jeho úkolem se stává udržování pořádku a bezpečnosti v prostorách třetího levelu utajení a musí dohlížet na vědce a být jim jakkoliv nápomocen.

Po několikaleté službě se z práce stává rutina. Dnešní den začíná naprosto stejně jako stovky před ním a vaším úkolem je doprovodit dva vědce výtahem o několik pater níže. Bohužel se právě v těchto vteřinách o několik kilometrů jinde v části zvané Anomální materiály schyluje k pokusu, kterým dochází k vytvoření nestabilního portálu a komplex Black Mesa je napaden organismy z planety Xen. Barney si musí prostřílet cestu ven.

To se mu s pomocí dr. Rosenberga podaří a spolu s dalšími vědci se ocitají mimo komplex Black Mesa a tím i bezprostřední nebezpečí.

Gordonu Freemanovi se podaří zabít administrátora na Xenu Nihilista a tím se portály uzavřou. Bohužel za několik let čeká Zemi sedmihodinová válka a útok ze strany Combine. Země podléhá a rasa Combine začíná přeměňovat lidi. Vzniká hnutí odporu pod vedením bývalého vědce z Black Mesy dr. Eliho Vance a Barney Calhoun se hnutí přidává jako špión. Při tom také pracuje pro Combine jako jeden ze členů Domobrany a poskytuje drahocenné informace Hnutí odporu.

Do toho všeho G-Man probouzí Freemana z pomaločasového skoku a ten společně s Clahounem a Eliho dcerou Alyx zasazují jednotkám Combine několik ran, které posléze vedou k zabití Wallace Breena i k pádu Citadely.